下层卫生间怎么处理？
看了题主的照片，感觉是题主的下水管道位置不合理，可能是一楼或者顶楼的排水立管。这种情况下要改造下水管道是不现实的，也达不到题主想要的效果——即使把地面抬高那么多，依旧是在地下，而且会严重影响客厅和餐厅的通风采光效果。 这种情况可以考虑做两个方案：
1、如果预算充足的话，直接更换成带防臭功能的马桶（智能马桶也有这方面功能），这样至少能解决臭味问题；
2、如果要经济实惠一些，可以在现有马桶下方安装一个马桶底座过滤器，淘宝上有卖，几十元一个，可以解决臭味问题，也能一定程度上的缓解堵塞问题。 如果再穷一点也可以买一瓶空气清新喷雾，每次上完厕所之后，喷喷，保持厕所的气味清香。
除了下水道反味的问题外，题主家最大的问题就是卫生间太小了，只有3平米不到，而且还被一分为二，导致使用起来非常局促。 如果不改变上下水位置，想扩大卫生间面积是不可能的！ 只能从别的地方去考虑——比如可以把卫生间的门移一下，现在卫生间门对着卧室门确实不太好，改到对面去，即不影响使用，又解决了臭味反味的难题。
如果卫生间门移动后，还是觉得房间不够用，那就只能考虑把厨房的一部分，或过道的一部分，通过打墙或者砸地板砖的方式，来填充进卫生间的面积了。 不过这种方式就有点得不偿失了。 其实，对于题主这样的户型，完全可以不用这么纠结于卫生间狭小的问题，真正要把空间利用到位，应该考虑在房屋外侧去做文章。 例如：在外墙壁开个窗户，这个得看地区是否允许，万一物业不让开，那也只能作罢。 如果不行，还可以考虑做个小阳台。